Η οινοποίηση βασίζεται στην αλκοολική ζύμωση των ζυμομυκήτων και τον μεταβολισμό τους. Τα διάφορα στελέχη ζυμομυκήτων (εκατοντάδες διαφορετικά στις αυθόρμητες ζυμώσεις) όμως, δεν συμβάλλουν το ίδιο, στην χημεία του οίνου, την ποιότητα ή τις πιθανές επιδράσεις στην οικολογία των πληθυσμών τους. Οι «επιλεγμένες ζύμες» (εμπορικά στελέχη) επιλέγονται σκόπιμα για να εξασφαλίσουν μια αξιόπιστη ζύμωση, προσφέροντας συχνά, προβλέψιμους ρυθμούς ζύμωσης, μεγαλύτερη αντοχή σε στρες (χαμηλά θρεπτικά, υψηλή αλκοόλη, θειώδη) και σταθερή έκφραση αρωματικών χαρακτηριστικών. Για τους παραγωγούς, το βασικό κέρδος είναι απτό: λιγότερες απρόβλεπτες ζυμώσεις, χωρίς προβλήματα, καθυστερήσεις/«κολλήματα» και πιο σταθερά αποτελέσματα για κάθε παρτίδα/δεξαμενή.
Από επιστημονική σκοπιά, τα οφέλη συνοδεύονται από συμβιβασμούς. Κατά τη ζύμωση του γλεύκους, οι πληθυσμοί των ζυμών επηρεάζονται από τη θερμοκρασία, την περιεκτικότητα σε σάκχαρα, τα θειώδη, το pH, την παρουσία/έλλειψη οξυγόνου και τα θρεπτικά συστατικά (συμπεριλαμβανομένου του αζώτου). Σε πολλές περιπτώσεις, οι εγγενείς (ντόπιες) ζύμες ξεκινούν με στελέχη μη-Saccharomyces και αργότερα επικρατεί συχνά ο Saccharomyces cerevisiae καθώς το περιβάλλον γίνεται πιο «αλκοολικό» και πιο εχθρικό για άλλα είδη. Οι επιλεγμένες καλλιέργειες μπορούν να επιταχύνουν αυτή τη διαδοχή, εδραιώνοντας γρήγορα την κυριαρχία ενός στελέχους. Αυτή η αλλαγή στις δυναμικές των πληθυσμών μπορεί να επηρεάσει την πορεία παραγωγής μεταβολιτών όπως οι πρόδρομες ουσίες για πτητική οξύτητα, ο σχηματισμός εστέρων και η παραγωγή ενώσεων που επηρεάζονται από το οξειδοαναγωγικό περιβάλλον και τελικά να διαφοροποιήσουν και το τελικό στυλ στο ποτήρι.
Εδώ η βιοποικιλότητα αποκτά ιδιαίτερη σημασία. Πρώτον, μέσα στη δεξαμενή, η βιοποικιλότητα μπορεί να μειωθεί όταν ένας εκλεκτός «νικητής» από την πλευρά της ικανότητας επιβίωσης καταπιέσει τα αυτόχθονα στελέχη. Δεύτερον, στον ευρύτερο κύκλο μεταξύ αμπελιού και κελαριού, οι πρακτικές διαχείρισης επηρεάζουν το ποιοι πληθυσμοί ζυμομυκήτων θα «επικρατούν» και θα «επιστρέφουν» στο αμπέλι και το κελάρι. Τελικά η «βιοποικιλότητα» δεν σημαίνει αυτόματα «καλύτερο κρασί». Διαφορετικοί συνδυασμοί ζυμών μπορούν να αυξήσουν ή να μειώσουν την πολυπλοκότητα, ανάλογα με τις ιδιότητες των στελεχών και το επίπεδο ελέγχου της διαδικασίας.
Μια πιο ισορροπημένη προσέγγιση αναδύεται στη σύγχρονη πρακτική: οι επιλεγμένες ζύμες να λειτουργούν ως «σκελετός» της ζύμωσης, ενώ η λειτουργική διαφοροποίηση να διατηρείται μέσω στρατηγικών όπως χαμηλή δόση εμβολιασμού, συν-εμβολιασμός (επιλεγμένο στέλεχος Saccharomyces μαζί με στοχευμένα μη-Saccharomyces) ή διαδοχικοί εμβολιασμοί. Στόχος είναι να παραμείνουν διαθέσιμες οι χρήσιμες οικολογικές λειτουργίες (όπως π.χ. η πρώιμη ενζυματική δράση από στελέχη μη-Saccharomyces) χωρίς να θυσιάζεται η ολοκλήρωση και η σταθερότητα της ζύμωσης.
